《周易》是一部伟大的哲学、社会科学、自然科学融为一体的巨著，对中国的文化、科学产生着巨大的影响。中医学亦不例外，尤其《周易》是一部哲理性极强的著作，因此对《内经》有着纵深的渗透，《内经》中的许多认识论及方法论上的问题，皆朔源于《周易》。对中医理论的形成和发展起了很大的促进作用。
《周易》唯物自然观与中医五行学说
前已述及，《周易》的宇宙观是唯物的、尽管还是朴素的，但对形成的认识论已进入了客观唯物主义的范畴。《周易》认为与宇宙的发生最关紧要的莫过于天与地，《周易》用乾卦、坤卦代表天与地。如《易·系辞》曰：“天尊地卑乾坤定矣”。“乾知大始，坤化成物”。八卦中的其余六卦也分别代表实实在在的物质，如巽风、震雷、离火、坎水、艮山、兑泽，形成了所谓八卦哲学，八卦哲学体现了《周易》对宇宙认识的唯物观。《周易》是以八种物质为宇宙万物之基本要素，其中水、火为五行学说中的两种主要元素。根据甲骨文记载，五行观念起源于殷商，记载于《尚书·洪范》，但《周易》中已有五行的主要元素－－水、火等的萌芽。五行完整记载于《尚书·洪范》。如曰：“一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爱稼穑。润下作咸，炎上作苦，曲直作酸，从革作辛，稼穑作甘”。五行学说在春秋时期还是一种抽象哲学的概念，《内经》在当时《周易》、《左传》、《洪范》的影响下，把五行学说这一哲学观念的东西引进到中医学的领域内来，在宇宙唯物观的基础上，借助五行的归类，揭示中医脏腑经络、病理、生理间的联系，并应用五行生克理论，维持人体内外环境的平衡。五行学说被广泛地应用到中医学，长期以来被作为中医理论的说理工具。由于五行学说有认识论范畴唯物观的先进性，又具方法论中朴素的系统论思想，中医又独特地把五行学说和阴阳学说相结合，用以阐述中医理论，故使五行学说在中医学中跃居重要地位。因此，中医学中的五行概念已经比原始的五行概念有了本质的差别，它已经升华为哲学与自然科学相结合的典范之一。
《周易》辩证法思想与中医“整体衡动观”
丰富的辩证法思想是《周易》认识论的精髓。“阴阳不测之谓神”“一阴一阳之谓道”是《周易》著名的哲学论断，体现了“运动变易”的道理，《周易》认为宇宙在动，万物在变，而且运动变化是极其复杂，难以预测的。故《易·说卦》曰：“神也者，妙万物而为言者也”。即言万物的变化神妙莫测。《周易》还认为事物的变化是无止境的，故《序卦》曰：“物不可穷也。”《易传》并认识到事物的运动变化来自于事物的内部，也即来自于事物对立面之间的相互作用。具体指天地阴阳的对立统一，故《易·系辞》曰“在天成象，在地成形，变化见矣”。及“刚柔相推，变在其中矣。”《系辞传》也曰：“乾坤成列而易立乎其中矣”。就是说没有矛盾便没有对立，也就没有运动变化和发展。故《易·系辞》曰：“变化者，进退之象也”。《周易》的辨证观不但已阐述到事物是运动变化着的、发展着的，而且认为事物之间不是孤立的，而是互相联系的，如既济卦之强调水火互济。再如《易·杂卦》曰：“有过物者必济，故受之以既济”，便可说明。
《周易》泰卦、既济卦都体现了阴阳的和谐、平衡，如原文曰：“天地受泰，万物通也”（《易·泰卦》），“初吉，柔得中也”（《易·既济》）。
《内经》和《周易》一样认为宇宙万物是运动产生的，运动是永恒的，互相联系着的，运动产生生命，运动停止，生命便要告终。体现了整体衡动观的重要意义。
近代“整体恒动观”的提法，确应修正为“整体衡动观”。整体，指人体内外环境的相关性、统一性。动，指运动、变化，言人体的气化
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